有机肥料的腐熟是一个复杂的过程。有机物质在土壤微生物作物下才能进行矿质化和腐殖化的过程。要使有机物质分解，释放养分就必须依靠微生物的活动才能实现。
在腐熟过程中，有机物质的分解与合成是同时进行的。
一方面，一些有机物质由复杂的形态转变为简单的形态，由不溶于水的物质转变为水溶性的物质，从而提高养分的有效性，使养分易被作物吸收利用，这就是矿质化作用。
另一方面，一些简单的化合物或分解过程中的中间产物，在微生物的作用下，重新合成为复杂的化合物，最后可合成为腐殖质，这就是腐殖化作用。
因此，腐殖质的产生是有机肥料腐熟的重要标志，其含量的多少与有机肥料的质量有密切的关系。